妊娠39天,小腹有点疼痛,小便时有少量褐色分泌物,检查HCG和孕酮属于正常情况,应该首先考虑存在先兆流产的情况,其次宫颈有炎症也有可能出现这种情况,还有宫外孕的可能。
根据您的HCG检查增长迅速,宫外孕的可能性比较小,建议B超检查,如果妊娠囊正常大小,应该考虑先兆流产的可能性大,应该卧床休息,服用保胎药物治疗。