1、牙合系统紊乱学说,由于牙合系统功能紊乱而导致三叉神经疼。牙合系统功能紊乱原因如牙尖早接触,严重锁合,深覆合,多数后牙缺失以及合面过度磨耗所致垂直距离过低等。由于牙合关系的紊乱,可使关节周围的肌群痉挛、肌功能障碍。此种情况形成一种小量的异常冲动,并不断向中枢传递,使中枢失去了动态平衡,而发生功能紊乱
2、缺血学说,在40年代末就有人注意到,曾使用血管扩张药治疗三叉神经疼患者,并取得一定疗效。说明扩张血管后,三叉神经根缺血可得到部分解除,除去了三叉神经的缺血性的刺激,终止了疼痛的发作。由于三叉神经系统中枢部的脑内核团、丘脑及大脑机能障碍并发生器质性病变,而导致三叉神经疼。早年有人发现,疱疹和单纯疱疹病毒感染,可沿三叉神经系统任何通路主要是通过嗅神经和三叉神经侵入颅内,并潜伏在三叉神经节与脊神经节内,当侵袭支配三叉神经的大脑皮层时,可引起三叉神经疼痛发作。