目前已有抗病毒药物可以用来治疗巨细胞病毒感染,但因为抗病毒药物的毒性甚强,尤其是新生儿是否要治疗,仍需由医师依据临床症状判断,因为有些感染只需保守治疗也可逐渐痊愈.因为巨细胞病毒可以经由排泄物或分泌物进行传递,因此一旦发现有先天性巨细胞病毒感染的新生儿或婴幼儿,应该加以隔离,以免传染给其它的婴儿。