巧克力囊肿不会消失。巧克力囊肿发生自然消失的现象是少之又少的,个别的症状轻微,囊肿较小的患者可能会自行缓解,但是患者不要抱有这种侥幸,发现病情以后均应尽快手术治疗,以避免或减少异位内膜病变继发种植和因囊液刺激引起腹腔粘连,否则随时都有发生破裂或蒂扭转的可能而危及生命。