肛瘘一旦形成,一般无自愈可能,手术治疗便是惟一的治愈性手段。但近年来有人采用人工材料填充瘘管的办法治疗肛瘘,认为疗效较好而不须手术治疗。
手术的原则是将瘘管切开或切除,使其成为开放的创面而达到逐渐愈合的目的。治疗中应强调弄清内口的部位及与外括约肌深部的关系,以避免损伤括约肌而致肛门失禁。