由于引流不畅,脓肿反复发作,也可溃破发生多个外口。较大较高位的肛瘘,常有粪便或气体从外口排出。诊断时外口常为一乳头状突起或是肉芽组织的隆起,挤压有少量脓液排出,多为单一外口,在肛门四面。
也有多个外口,外口之间皮下瘘管相通,皮肤发硬并萎缩。也有多个外口位于两侧,瘘管成"马蹄形",直肠指诊在病变可触及硬结或条索状物,有触痛,随索状物向上探索,有时可扪及内口。
若外口不整洁,不隆起,有潜行边沿,肉芽灰白色或有干酪样淡薄分泌物,应怀疑为结核性肛瘘。