肛瘘可分为静止期和活动期。肛瘘处于静止期时没有活动性感染,无疼痛和其他不适,只有间歇性地从外口留一些稠水或脓液且量也很少。
当肛瘘处于活动期时,从外口流出的脓液量会骤然增多且质浓稠色黄味臭,可伴有外口周边胀痛红肿及体温升高。